脳は体の司令塔。
脳が体の各所に命令を送っているのであり、体（たとえば心臓）のほうから脳に命令が行くことはない、と考えるのが普通です。
ところが腸と脳は神経系、ホルモン系、免疫系でそれぞれ双方向の情報交換をしており、場合によっては腸が脳に「逆指令」のようなものを出すことがあるそうです。
また、神経伝達物質の1つセロトニン（気分を安定させる物質の1つ）の9割が腸で合成されるため、腸は第2の脳と言われます。
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食物不耐性、という症状があります。
アレルギーとは別の現象ですが、人には自分に合う食べものと「なんとなく合わない食べもの」があり、この「なんとなく合わない」食べものを食べると、しばらくして腹痛になったり、吐き気を催したり、疲労感を覚えたりします。
人によって牛乳を飲むと下痢になる、というのも食物不耐性の一種とされています。
参考サイト：腸活環境育成協会
